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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
02/12/2016 |
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Data da última atualização: |
08/02/2017 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
COSTA, E. A.; ANONI, C. O.; MANCINI, M. C.; SANTOS, F. R. C.; MARCONI, T. G.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; PERECIN, D.; MOLINARI, M.; XAVIER, M. A.; PINTO, L. R.; SOUZA, A. P.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
UNICAMP; ESALQ; UNICAMP; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; ESALQ; Universidade Federal de São Carlos; MARIA MARTA PASTINA, CNPMS; UNESP; ESALQ; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; Centro Avançado da Pesquisa Tecnológica do Agronegócio de Cana, IAC/Apta; UNICAMP; ESALQ. |
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Título: |
QTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Euphytica, Dordrecht, v. 211, n. 1, p. 1-16, 2016. |
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DOI: |
10.1007/s10681-016-1746-7 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Quantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation ratio of each mapped QTL (1:2:1, 3:1 or 1:1). Our results provide information about the genetic organization of the sugarcane genome and constitute the first step toward a better dissection of complex traits. MenosQuantitative trait locus (QTL) mapping contributes to sugarcane (Saccharum spp.) breeding programs by providing information about the genetic effects, positioning and number of QTLs. Combined with marker-assisted selection, it can help breeders reduce the time required to develop new sugarcane varieties. We performed a QTL mapping study for important agronomic traits in sugarcane using the composite interval mapping method for outcrossed species. A new approach allowing the 1:2:1 segregation ratio and different ploidy levels for SNP markers was used to construct an integrated genetic linkage map that also includes AFLP and SSR markers. Were used 688 molecular markers with 1:1, 3:1 and 1:2:1 segregation ratios. A total of 187 individuals from a biparental cross (IACSP95-3018 and IACSP93-3046) were assayed across multiple harvests from two locations. The evaluated yield components included stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol) and soluble solid content (Brix). The genetic linkage map covered 4512.6 cM and had 118 linkage groups corresponding to 16 putative homology groups. A total of 25 QTL were detected for SD (six QTL), SW (five QTL), SH (four QTL), Fiber (five QTL), Pol (two QTL) and Brix (three QTL). The percentage of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069 to 3.87 %, with a low individual effect because of the high ploidy level. The mapping model provided estimates of the segregation... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Melhroramento. |
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Thesagro: |
Cana de açúcar; Marcador genético. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 02608naa a2200313 a 4500
001 2057827
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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| Registros recuperados : 24 | |
| 3. |  | BRAGA, M. F.; VIEIRA, M. L. C.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; GIRALDI, I. O.; JUNQUEIRA, N. T. V. Mapeamento de QTL (quantitative trait loci) associados à resistência do maracujá-doce à bacteriose. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 22., 2012, Bento Gonçalves. Anais... Bento Gonçalves: SBF, 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 4. | | ROSÁRIO, M. F. do; GAZAFFI, R.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; GARCIA, A. A. F.; COUTINHO, L. L. Base genética da correlação entre características de desempenho e de rendimento de carcaça no cromossomo 1 da galinha. In: CONFERÊNCIA FACTA DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA AVÍCOLAS, 2011, Santos, SP. Anais... Santos: FACTA, 2011. Trabalhos de Pesquisa José Maria Lamas da Silva. 1 CD-ROM. Projeto: 02.09.07.006.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 5. | | ROSÁRIO, M. F. do; GAZAFFI, R.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. S. Composite interval mapping and mixed models reveal QTL associated with performance and carcass traits on chicken chromosomes 1, 3, and 4. Journal of Applied Genetics, Pozna, on line 28 nov. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 6. | | LIMA, B. M.; TEIXEIRA, J. E. C.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; GRATTAPAGLIA, D.; VALLE, R. K. D.; CAMARGO, L. E. A. Identification of a novel QTL contributing to rust resistance in Eucalyptus. BMC Proceedings 2011, v. 5, Suppl 7, p. P32, 2011. Edição dos resumos do IUFRO Tree Biotechnology Conference 2011: From Genomes to Integration, 2011 Arraial d?Ajuda, Bahia.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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| 7. | | FREITAS, E. G. de; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; PINTO, L. R.; XAVIER, M. A.; LANDELL, M. G. de A.; GARCIA, A. A. F. Modelos mistos para seleção de genótipos superiores e de futuros genitores de cana-de-açúcar. In: REUNIÃO ANUAL DA REGIÃO BRASILEIRA DA SOCIEDADE INTERNACIONAL DE BIOMETRIA, 58.; SIMPÓSIO DE ESTATÍSTICA APLICADA À EXPERIMENTAÇÃO AGRONÔMICA, 15., 2013, Campina Grande. Modelagem estatística em áreas multidisciplinares: impactos causados pelas mudanças climáticas na Região Nordeste: anais. Campina Grande: Sociedade Internacional de Biometria, 2013.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | ROSÁRIO, M. F. do; GAZAFFI, R.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; NONES, K.; GARCIA, A.; COUTINHO, L. L. Multitrait composite interval mapping reveals pleiotropic QTL on chicken chromosome 1. In: CONFERENCE OF THE INTERNATIONAL SOCIETY FOR ANIMAL GENETICS, 33., 2012, Cairns. Programme and abstract book... Cairns: ISAG, 2012. p.40.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 9. | | ANONI, C. A.; MANCINI, M. C.; COSTA, E. A.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; PINTO, L. R.; SOUZA, A. P.; GARCIA, A. A. F. QTL mapping for yield related trait in a biparental cross of sugarcane. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 60., 2014, Guarujá. Resumos. Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2014. p. 126.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | ROSÁRIO, M. F.; GAZAFFI, R.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F. QTLs associados a características de carcaça na galinha: mapeamento por intervalo vs mapeamento por intervalo composto. In: CONFERÊNCIA FACTA DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA AVÍCOLAS, 27., 2009, Porto Alegre. Anais [dos] trabalhos de pesquisa José Maria Lamas de Silva. [Campinas]: FACTA, 2009. Projeto/Plano de Ação: 01.02.10.210-10. Publicado em CD-ROM (CD00156).| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 11. | | ROSÁRIO, M. F. do; GAZAFFI, R.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T.; BOSCHIERO, C.; COUTINHO, L. L.; GARCIA, A. A. F. G. QTL's mapeados para características de desempenho na galinha através do mapeamento por intervalo composto com modelo misto. In: SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO ANIMAL, 7., 2008, São Carlos, SP. Anais. São Carlos, SP: SBMA, 2008. 4 p. Projeto/Plano de Ação: 01.02.102.10-10.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves. |
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| 12. | | VIGNA, B. B. Z.; SANTOS, J. C.; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; MOLLINARI, M.; CANCADO, L. J.; VALLE, C. B. do; ANTONIO AUGUSTO FRANCO GARCIA; SOUZA, A. P. The Preliminary Genetic Linkage Map of hexaploid Brachiaria humidicola Based on Microsatellite Markers. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FORAGE BREEDING, 3., 2011, Bonito, MS. Breeding forage for climate change adaptation and mitigation - eco-efficient animal produtction: proceedings. [Campo Grande, MS: Embrapa Gado de Corte], 2011. 42-45 1 CD-ROM| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Corte. |
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| 13. | | SILVA, F. E. de J.; GUIDO, L. N.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.; ROSÁRIO, M. F. do. Regiões genômicas associadas a características de desempenho e carcaça no cromossomo 5 de linhagens brasileiras de galinha. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, DF, v. 46, n. 3, p. 229-238, 2011. Projeto: 01.06.01.006.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Suínos e Aves; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 15. | | PERSEGUINI, J. M. C. K.; CHIORATTO, A. F.; ZUCCHI, M. I.; COLOMBO, C. A.; CARBONELL, S. A. M.; MONDEGO, J. M. C.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; CAMPOS, T. de; SOUZA, A. P. de; RUBIANO, L. B. Genetic diversity in cultivated carioca common beans based on molecular marker analysis. Genetics and Molecular Biology, Ribeirão Preto, v. 34, n. 1, p. 88-102, 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| 16. | | MORAIS, L. K. de; CURSI, D. E.; SANTOS, J. M. dos; SAMPAIO, M.; CAMARA, T. M. M.; SILVA, P. de A.; BARBOSA, G. V.; HOFFMANN, H. P; CHAPOLA, R. G.; FERNANDES JUNIOR, A. R.; GAZAFFI, R. Melhoramento genético da cana-de-açúcar. Aracaju: Embrapa Tabuleiros Costeiros, 2015. 40 p. (Embrapa Tabuleiros Costeiros. Documentos, 200).| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 17. | | PEREIRA, G. S.; NUNES, E. S.; LAPERUTA, L. D. C.; BRAGA, M. F.; PENHA, H. A.; DINIZ, A. L.; MUNHOZ, C. F.; GAZAFFI, R.; GARCIA, A. A. F.; VIEIRA, M. L. C. Molecular polymorphism and linkage analysis in sweet passion fruit, an outcrossing species. Annals of Applied Biology, v. 162, n. 3, p. 347-361, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 18. | | COSTA, E. A.; ANONI, C. O.; MANCINI, M. C.; SANTOS, F. R. C.; MARCONI, T. G.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; PERECIN, D.; MOLINARI, M.; XAVIER, M. A.; PINTO, L. R.; SOUZA, A. P.; GARCIA, A. A. F. QTL mapping including codominant SNP markers with ploidy level information in a sugarcane progeny. Euphytica, Dordrecht, v. 211, n. 1, p. 1-16, 2016.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 19. | | ANONI, C. O.; GAZAFFI, R.; PASTINA, M. M.; MANCINI, M. C.; COSTA, E. A.; MOLLINARI, M.; MARCONI, T. G.; PINTO, L. R.; SOUZA, A. P.; GARCIA, A. A. F. QTL mapping for yield components in a sugarcane commercial cross. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA, 59., 2013, Águas de Lindóia. Resumos... Ribeirão Preto: SBG, 2013. p. 55.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 20. | | PEREIRA, G. da S.; LAPERUTA, L. D. C.; NUNES, E. S.; CHAVARRIA, L.; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; GERALDI, I. O.; GARCIA, A. A. F.; VIEIRA, M. L. C. The sweet passion fruit (Passiflora alata) crop: genetic and phenotypic parameter estimates and QTL mapping for fruit traits. Tropical Plant Biology, v. 10, n. 1, p. 18-29, 2017.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
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